Salah satu cara yang dilakukan sekolah untuk meningkatkan prestasi para siswanya adalah menyediakan fasilitas penunjang pendidikan yang sangat lengkap. Laboratorium menjadi fasilitas yang disediakan. Laboratorium yang disediakan oleh SMAS Santa Familia Wae Nakeng dengan, 1 laboratorium komputer, 1 fisika, 1 biologi, 1 kimia, dan sebagainya. Laboratorium komputer adalah salah satu fasilitas sekolah yang berguna untuk menunjang proses belajar mengajar di sekolah. Keberadaan laboratorium ini sangatlah penting karena bisa membantu siswa mengenal perangkat komputer dan penunjang lainnya. Laboratorium komputer juga terhubung dengan jaringan internet sehingga bisa membantu siswa untuk mendapatkan informasi dan pengetahuan yang dibutuhkan. Paling penting informasi dan pengetahuan tersebut berkaitan dengan pembelajaran. Fasilitas laboratorium ini juga bisa mendorong siswa untuk terus berprestasi. Pasalnya semua informasi yang dibutuhkan bisa diakses dengan sangat mudah dan cepat. Selain untuk mencari informasi dan pengetahuan, laboratorium ini bisa digunakan siswa untuk belajar juga untuk keperluan KTI. Selain berisi komputer, laboratorium komputer juga dilengkapi dengan fasilitas lainnya. Fasilitas-fasilitas tersebut seperti papan tulis, LCD proyektor, meja, kursi, kipas angin dan sebagainya. Tidak lupa untuk menambahkan akses internet, berbagai perangkat lunak (software), mouse, keyboard dan masih banyak lagi.