Salah satu kegiatan ekstrakurikuler di SMAS St. Familia Wae Nakeng adalah Ekskul Sepak Bola putra. Ekstrakurikuler ini merupakan wahana bagi para siswa untuk mengembangkan bakat dan minatnya dalam bidang olah raga sepak bola. Kegiatan ini dilakukan secara rutin satu kali dalam satu minggu. Kegiatan ekskul ini diampu oleh guru olah raga . Prestasi dari kegiatan ekskul sepak bola SMAS St. Familia Wae Nakeng reltif banyak. Salah satunya yaitu bahwa diantara peserta ekskul tersebut selalu ada yang masuk dalam tim sepak bola tingkat kecamatan serta ada beberapa peserta didik yang dipanggil untuk mengikuti seleksi liga Soeratin Cup U-17. Selain itu Ekstrakurikuler sepak bola, masih benyak ekstra olehraga lainnya yang juga memiliki banyak prestasi.
Pendamping Kegiatan Ekstrakurkuler Sepak Bola Putra:
- Selentinus Jebarus, S.Pd
- Kandidus Jenaru, S.Pd
- Desiderius Valdino Hemi, S.Kom